Le ministère est composé de plusieurs étages, avec de nombreux départements :
Brigade de réparation des accidents de sorcellerie
Répare les accidents de sorcellerie.
Membres : Arnold Bondupois
Bureau des aurors
Gère l'équipe des Aurors qui luttent contre Voldemort et les Mangemorts.
Membres : Rufus Scrimgeour (promotion comme Ministre de la Magie)
Bureau de détection et de confiscation des faux sortilèges de défense et objets de protection
Créé lors de la 6ème année de Harry, il sert a protéger les gens des objets maléfiques ou ensorcellés par les Mangemorts.
Membres : Arthur Weasley et 10 autres personnes sous ses ordres.
Bureau des liaisons avec les Gobelins
Département assurant la bonne entente entre les gérants de Gringotts et les sorciers.
Membres : Cubert Faussecreth
Commission des sortilèges expérimentaux
Sert à tester de nouveaux sortilèges.
Membres : Gilbert Fripemine
Département de la coopération magique internationale
Sert à assurer la bonne entente entre la Grande Bretagne et les autres pays du monde et à contrôler les importations frauduleuses d'objets magiques.
Membres : Barty Croupton, Percy Weasley
Département de la justice magique
Comme son nom l'indique, fait régner la justice dans le monde des sorciers. A condamné de nombreux Mangemorts à Azkaban au temps de l'apogée de Voldemort.
Département de la régulation des créatures magiques
Donne des permis pour posséder des créatures plus ou moins dangereuses ou régulées. S'occupe également de faire appliquer les lois comme l'interdiction pour un elfe d'utiliser une baguette.
Membres : Amos Diggory
Département des détournements de l'artisanat Moldu
Sert à rechercher et empêcher les sorciers cherchant à nuire aux moldus en transformant leurs objets pour les rendre magiques. Mr Weasley a eu beaucoup de problèmes avec des toilettes régurgitantes.
Membres : Arthur Weasley (promotion vers le Bureau de détection et de confiscation des faux sortilèges de défense et objets de protection), Perkins
Département des jeux et sports magiques
Gère les évènements sportifs. C'est ce département qui, en collaboration avec le Département de la coopération internationale, organise la Coupe du Monde de Quidditch ou encore le tournoi des 3 sorciers.
Membres : Ludo Verpey, Bertha Jorkins
Département des Mystères
Les employés de ce département sont les Langues-de-Plomb, personne ne sait sur quoi ils travaillent. On sait seulement qu'ils s'occupent entre autre des prophéties.
Membres : Moroz (assassiné à l'hôpital), Funestar
Département des transports magiques
Gère les balais, les tapis volants ou encore le Magicobus, pour que tout ces moyens de transport ne soient pas vus par les moldus.
Service des usages abusifs de la magie
Gère tout les abus de magie constatés. Ils s'occupent notamment de punir et ou d'exclure les élèves de 1er cycle utilisant la magie en dehors de l'école, à plusieurs reprises.
Membres : Malfalda Hopkrik